Les genes de risque de l'autisme sont anciennement apparus au cours de l'evolution et conservent un paysage de caracteristiques unique qui fait echo a leur fonction
Titre original en anglais : Autism risk genes are evolutionarily ancient and maintain a unique feature landscape that echoes their function
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À propos de la mention auteur·ice autisteCasanova, M., Switala, A., Dandamudi, S., Hickman, A. R., Vandenbrink, J., Sharp, J. L., Feltus, F. A., & Casanova, M. F. (2019). Autism risk genes are evolutionarily ancient and maintain a unique feature landscape that echoes their function. Autism Research, 12(6), 860-869. https://doi.org/10.1002/aur.2112
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Auteurs
Résumé
Des recherches anterieures sur les genes de risque de l'autisme (ASD), les genes regulateurs du developpement (DevReg) et les genes du systeme nerveux central (CNS) suggerent qu'ils tendent a etre de grande taille, enrichis en repetitions imbriquees et intolerants aux mutations. La pertinence de ces caracteristiques genomiques est intrigante mais reste mal comprise. Dans cette etude, nous avons examine le paysage des caracteristiques de ces groupes de genes afin de decouvrir des themes structuraux utiles pour interpreter leur fonction, leurs profils de developpement et leur histoire evolutive. Les groupes ASD, DevReg, CNS, genes domestiques et controle du genome entier (WGC) ont ete constitues a l'aide de diverses ressources. De multiples caracteristiques genetiques d'interet ont ete extraites de NCBI/UCSC Bioinformatics. Les scores residuels d'intolerance a la variation, les scores pLI de l'Exome Aggregation Consortium et les donnees de variation du nombre de copies provenant de Decipher ont ete utilises pour estimer l'intolerance a la variation. L'age des genes et les interactions proteine-proteine (PPI) ont ete estimes a l'aide des bases de donnees Ensembl et EBI Intact, respectivement. Comparativement au WGC, les genes ASD, DevReg et CNS sont plus longs, produisent des proteines plus grandes, presentent un nombre/une densite plus eleves d'elements non codants conserves et d'elements transposables, produisent davantage de variants de transcrits et sont comparativement intolerants a la variation. Apres controle de la taille des genes, de la tolerance aux mutations et de l'association clinique, les genes ASD conservent encore bon nombre de ces memes caracteristiques. En outre, nous avons egalement observe que les genes ASD extremement intolerants aux mutations possedent des reseaux PPI plus grands. Ces donnees soutiennent de nombreuses observations recentes dans le domaine de la genetique de l'autisme, mais elles elargissent egalement notre comprehension de l'evolution de ces vastes groupes de genes, de leur complexite regulatrice potentielle et de la mesure dans laquelle ils interagissent avec le reseau cellulaire. Autism Res 2019, 12: 860-869. © 2019 International Society for Autism Research, Wiley Periodicals, Inc. Resume grand public Les genes de risque de l'autisme sont plus anciens que les autres genes du genome. A ce titre, ils presentent des caracteristiques physiques liees a leur age, notamment une grande taille de gene et de proteine ainsi que des sequences regulatrices qui contribuent a controler l'expression des genes. Ils partagent bon nombre de ces memes caracteristiques avec d'autres genes exprimes dans le cerveau et/ou associes au developpement prenatal.
Bibliographie citée par cette référence
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