Enrichissement en polymorphismes néandertaliens rares et peu fréquents chez des proposants autistes et leurs frères et sœurs
Titre original en anglais : Enrichment of Rare and Uncommon Neanderthal Polymorphisms in Autistic Probands and Siblings
Cette publication est incluse dans le projet « Contributions académiques de personnes autistes sur l’autisme ». un auteur·ice de cette publication est identifié·e comme autiste dans le projet.
À propos de la mention auteur·ice autistePauly, R., Johnson, L., Feltus, F. A., & Casanova, E. (2023). Enrichment of Rare and Uncommon Neanderthal Polymorphisms in Autistic Probands and Siblings [Preprint]. openRxiv. https://doi.org/10.1101/2023.10.27.23297672
Cette publication est intégrée dans AutiHub via :
Auteurs
Résumé
RÉSUMÉ Homo sapiens et les Néandertaliens ont subi une hybridation au cours du Paléolithique moyen/supérieur, aboutissant à la conservation de faibles quantités d'ADN dérivé de Néandertal dans le génome humain moderne. Dans la présente étude, nous examinons les rôles potentiels que les polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) néandertaliens géniques peuvent jouer dans la susceptibilité à l'autisme à l'aide de données des bases de données Simons Foundation Powering Autism Research (SPARK) et Genotype-Tissue Expression (GTEx). Nous avons découvert que les variants rares et peu fréquents sont significativement enrichis à la fois chez les proposants autistes euro-américains et afro-américains et chez leurs frères et sœurs non atteints, comparativement à des témoins appariés selon l'origine raciale. De plus, nous avons identifié 51 SNP (p51) significativement enrichis chez les cas d'autisme euro-américains, dont 13 se situent dans des gènes associés à l'autisme, ainsi que 1 SNP chez les proposants afro-américains. De plus, les SNP au sein du réseau p51 présentent un déséquilibre de liaison significatif les uns avec les autres, ce qui indique qu'ils peuvent plus souvent être cohérités dans l'autisme. Ces résultats suggèrent fortement que l'ADN dérivé de Néandertal joue un rôle significatif dans la susceptibilité à l'autisme au sein des principales populations des États-Unis.
Publications liées
Ces liens indiquent les prépublications, protocoles, versions publiées ou notices liées identifiés dans AutiHub.
Version publiée
Bibliographie citée par cette référence
Les références citées sont importées depuis des sources externes de métadonnées lorsqu’elles sont disponibles. La liste peut être partielle.
Vue d’ensemble de la bibliographie citée
Ces indicateurs décrivent la bibliographie citée par cette publication. Un nom d’auteurice est compté chaque fois qu’il apparaît dans une référence citée : une même personne peut donc être comptée plusieurs fois. Les noms qui ne sont pas encore associés à un·e auteurice déjà présent·e dans AutiHub sont traités comme inconnus, pas comme non autistes. Dernier calcul : 19/09/2026 01:01.
- Avec un DOI
- 49
- Sans DOI, à partir du texte brut de la bibliographie
- 1
- Références avec noms d’auteurices détectés
- 48 / 50 (96,0 %)
- Sans nom d’auteurice détecté
- 2
- Sans titre structuré
- 1
- Sans identifiant stable
- 1
- Références avec noms bruts d’auteurices restant à vérifier
- 0
- Références avec problème de récupération des métadonnées externes
- 1
- À partir du DOI ou de métadonnées externes
- 617
- À partir du texte brut validé de la bibliographie
- 0
- Noms bruts déjà validés
- 0
- Noms bruts restant à vérifier
- 0
-
Brandon Keehn , Patricia Shih , Laurie A. Brenner , Jeanne Townsend , Ralph-Axel Müller (2013). Functional connectivity for an “Island of sparing” in autism spectrum disorder: An fMRI study of visual search . Human Brain Mapping, 34(10), 2524-2537. Wiley.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Ozgur Taskent , Yen Lung Lin , Ioannis Patramanis , Pavlos Pavlidis , Omer Gokcumen (2020). Analysis of Haplotypic Variation and Deletion Polymorphisms Point to Multiple Archaic Introgression Events, Including from Altai Neanderthal Lineage . Genetics, 215(2), 497-509. Oxford University Press (OUP).Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Amanda Taboas , Karla Doepke , Corinne Zimmerman (2023). Preferences for identity-first versus person-first language in a US sample of autism stakeholders . Autism, 27(2), 565-570. SAGE Publications.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Fernando Racimo , Sriram Sankararaman , Rasmus Nielsen , Emilia Huerta-Sánchez (2015). Evidence for archaic adaptive introgression in humans . Nature Reviews Genetics, 16(6), 359-371. Springer Science and Business Media LLC.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
David Reich , Richard E. Green , Martin Kircher , Johannes Krause , Nick Patterson , Eric Y. Durand et al. (2010). Genetic history of an archaic hominin group from Denisova Cave in Siberia . Nature, 468(7327), 1053-1060. Springer Science and Business Media LLC.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Nancy D. Merner , Madison R. Chandler , Cynthia Bourassa , Bo Liang , Arjun R. Khanna , Patrick Dion et al. (2015). Regulatory domain or CpG site variation in SLC12A5, encoding the chloride transporter KCC2, in human autism and schizophrenia . Frontiers in cellular neuroscience, 9, 386. Frontiers Media SA.Crossref OpenAlex
-
Kay Prüfer , Fernando Racimo , Nick Patterson , Flora Jay , Sriram Sankararaman , Susanna Sawyer et al. (2014). The complete genome sequence of a Neanderthal from the Altai Mountains . Nature, 505(7481), 43-49. Springer Science and Business Media LLC.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Cristina Hernando‐Davalillo , Adrián Alcalá San Martín , Mar Borregan Prats , Juan Darío Ortigoza‐Escobar (2022). De novo 4q35.2 duplication containing FAT1 is associated with autism spectrum disorder . Clinical Genetics, 102(5), 434-437. Wiley.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Fabiola Quintero‐Rivera , Pantea Sharifi‐Hannauer , Julian A. Martinez-Agosto (2010). Autistic and psychiatric findings associated with the 3q29 microdeletion syndrome: Case report and review . American Journal of Medical Genetics Part A, 152A(10), 2459-2467. Wiley.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Martin Kuhlwilm , Ilan Gronau , Melissa J. Hubisz , Cesare de Filippo , Javier Prado-Martinez , Martin Kircher et al. (2016). Ancient gene flow from early modern humans into Eastern Neanderthals . Nature, 530(7591), 429-433. Springer Science and Business Media LLC.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Arun Durvasula , Sriram Sankararaman (2020). Recovering signals of ghost archaic introgression in African populations . Science Advances, 6(7), eaax5097. American Association for the Advancement of Science (AAAS).Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Ivan Juric , Simon Aeschbacher , Graham Coop (2016). The Strength of Selection against Neanderthal Introgression . PLOS Genetics, 12(11), e1006340. Public Library of Science (PLoS).Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Sriram Sankararaman , Swapan Mallick , Michael Dannemann , Kay Prüfer , Janet Kelso , Svante Pääbo et al. (2014). The genomic landscape of Neanderthal ancestry in present-day humans . Nature, 507(7492), 354-357. Springer Science and Business Media LLC.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Corinne N. Simonti , Benjamin Vernot , Lisa Bastarache , Erwin Bottinger , David S. Carrell , Rex L. Chisholm et al. (2016). The phenotypic legacy of admixture between modern humans and Neandertals . Science, 351(6274), 737-741. American Association for the Advancement of Science (AAAS).Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Jonathan D. J. Labonne , Terri M. Driessen , Marvin E. Harris , Il-Keun Kong , Soumia Brakta , John Theisen et al. (2020). Comparative Genomic Mapping Implicates LRRK2 for Intellectual Disability and Autism at 12q12, and HDHD1, as Well as PNPLA4, for X-Linked Intellectual Disability at Xp22.31 . Journal of Clinical Medicine, 9(1), 274. MDPI AG.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Michelle Dawson *Auteur·ice autiste. En savoir plus… , Isabelle Soulières , Morton Ann Gernsbacher , Laurent Mottron (2007). The Level and Nature of Autistic Intelligence . Psychological Science, 18(8), 657-662. SAGE Publications.AutiHub · Contributions académiques de personnes autistes sur l’autisme Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Gili Greenbaum , David E. Friesem , Erella Hovers , Marcus W. Feldman , Oren Kolodny (2019). Was inter-population connectivity of Neanderthals and modern humans the driver of the Upper Paleolithic transition rather than its product? Quaternary Science Reviews, 217, 316-329. Elsevier BV.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Martin Kuhlwilm , Cedric Boeckx (2019). A catalog of single nucleotide changes distinguishing modern humans from archaic hominins . Scientific Reports, 9(1), 8463. Springer Science and Business Media LLC.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Bärbel Felder , Bernhard Radlwimmer , Axel Benner , Antoaneta Mincheva , Grischa Tödt , Kim S. Beyer et al. (2009). FARP2, HDLBP and PASK are downregulated in a patient with autism and 2q37.3 deletion syndrome . American Journal of Medical Genetics Part A, 149A(5), 952-959. Wiley.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Alan M. Rice , Aoife McLysaght (2017). Dosage-sensitive genes in evolution and disease . BMC biology, 15(1), 1. Springer Science and Business Media LLC.Crossref OpenAlex
-
Xinzhu Wei , Christopher R Robles , Ali Pazokitoroudi , Andrea Ganna , Alexander Gusev , Arun Durvasula et al. (2023). The lingering effects of Neanderthal introgression on human complex traits . eLife, 12, e80757. eLife Sciences Publications, Ltd.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Ian F. King , Chandri N. Yandava , Angela M. Mabb , Jack S. Hsiao , Hsien-Sung Huang , Brandon L. Pearson et al. (2013). Topoisomerases facilitate transcription of long genes linked to autism . Nature, 501(7465), 58-62. Springer Science and Business Media LLC.Crossref OpenAlex
-
Julien Roux , Jialin Liu , Marc Robinson-Rechavi (2017). Selective Constraints on Coding Sequences of Nervous System Genes Are a Major Determinant of Duplicate Gene Retention in Vertebrates . Molecular Biology and Evolution, 34(11), 2773-2791. Oxford University Press (OUP).Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Simon Baron-Cohen (1998). Does Autism Occur More Often in Families of Physicists, Engineers, and Mathematicians? Autism, 2(3), 296-301. SAGE Publications.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Cinzia Galasso , Adriana Lo-Castro , Cristina Lalli , Anna Maria Nardone , Francesca Gullotta , Paolo Curatolo (2008). Deletion 2q37: An Identifiable Clinical Syndrome With Mental Retardation and Autism . Journal of Child Neurology, 23(7), 802-806. SAGE Publications.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Alessandra Mozzi , Franca Rosa Guerini , Diego Forni , Andrea Saul Costa , Raffaello Nemni , Francesca Baglio et al. (2017). REST, a master regulator of neurogenesis, evolved under strong positive selection in humans and in non human primates . Scientific Reports, 7(1), 9530. Springer Science and Business Media LLC.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Guifeng Xu , Jin Jing , Katherine Bowers , Buyun Liu , Wei Bao (2014). Maternal Diabetes and the Risk of Autism Spectrum Disorders in the Offspring: A Systematic Review and Meta-Analysis . Journal of Autism and Developmental Disorders, 44(4), 766-775. Springer Science and Business Media LLC.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Valentina Gizzonio , Pietro Avanzini , Maddalena Fabbri-Destro , Cristina Campi , Giacomo Rizzolatti (2014). Cognitive abilities in siblings of children with autism spectrum disorders . Experimental Brain Research, 232(7), 2381-2390. Springer Science and Business Media LLC.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Michael D. Gregory , J. Shane Kippenhan , Daniel P. Eisenberg , Philip D. Kohn , Dwight Dickinson , Venkata S. Mattay et al. (2017). Neanderthal-Derived Genetic Variation Shapes Modern Human Cranium and Brain . Scientific Reports, 7(1), 6308. Springer Science and Business Media LLC.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
John R. Vance , Thomas E. Wilson (2002). Yeast Tdp1 and Rad1-Rad10 function as redundant pathways for repairing Top1 replicative damage . Proceedings of the National Academy of Sciences, 99(21), 13669-13674. National Academy of Sciences.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Philipp Gunz , Amanda K. Tilot , Katharina Wittfeld , Alexander Teumer , Chin Yang Shapland , Theo G.M. van Erp et al. (2019). Neandertal introgression sheds light on modern human endocranial globularity . Current Biology, 29(1), 120. Elsevier BV.Crossref OpenAlex
-
Amory Meltzer , Judy Van de Water (2017). The Role of the Immune System in Autism Spectrum Disorder . Neuropsychopharmacology, 42(1), 284-298. Springer Science and Business Media LLC.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Teresa Iuculano , Miriam Rosenberg-Lee , Kaustubh Supekar , Charles J. Lynch , Amirah Khouzam , Jennifer Phillips et al. (2014). Brain Organization Underlying Superior Mathematical Abilities in Children with Autism . Biological Psychiatry, 75(3), 223-230. Elsevier BV.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Michael D. Gregory , J. Shane Kippenhan , Philip Kohn , Daniel P. Eisenberg , Joseph H. Callicott , Bhaskar Kolachana et al. (2021). Neanderthal-Derived Genetic Variation is Associated with Functional Connectivity in the Brains of Living Humans . Brain Connectivity, 11(1), 38-44. SAGE Publications.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Aarti Nair , Morgan Jolliffe , Yong Seuk S. Lograsso , Carrie E. Bearden (2020). A Review of Default Mode Network Connectivity and Its Association With Social Cognition in Adolescents With Autism Spectrum Disorder and Early-Onset Psychosis . Frontiers in Psychiatry, 11, 614. Frontiers Media SA.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Ofer Bar-Yosef (2002). The Upper Paleolithic Revolution . Annual Review of Anthropology, 31(1), 363-393. Annual Reviews.Type: Article DOI: 10.1146/annurev.anthro.31.040402.085416 OpenAlex: https://openalex.org/W2167665274Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Victor Danelon , Ron Goldner , Edward Martinez , Irena Gokhman , Kimberly Wang , Avraham Yaron et al. (2020). Modular and Distinct Plexin-A4/FARP2/Rac1 Signaling Controls Dendrite Morphogenesis . The Journal of Neuroscience, 40(28), 5413-5430. Society for Neuroscience.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Sriram Sankararaman , Swapan Mallick , Nick Patterson , David Reich (2016). The Combined Landscape of Denisovan and Neanderthal Ancestry in Present-Day Humans . Current Biology, 26(9), 1241-1247. Elsevier BV.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Pamela Feliciano , Amy M. Daniels , LeeAnne Green Snyder , Amy Beaumont , Alexies Camba , Amy Esler et al. (2018). SPARK: A US Cohort of 50,000 Families to Accelerate Autism Research . Neuron, 97(3), 488-493. Elsevier BV.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Atsuo Fukuda , Miho Watanabe (2019). Pathogenic potential of human SLC12A5 variants causing KCC2 dysfunction . Brain Research, 1710, 1-7. Elsevier BV.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Erin L. Youngs , Rebecca S. Henkhaus , Jessica A. Hellings , Merlin G. Butler (2012). 12-year-old boy with a 4q35.2 microdeletion and involvement of MTNR1A, FAT1, and F11 genes . Clinical Dysmorphology, 21(2), 93-96. Ovid Technologies (Wolters Kluwer Health).Crossref OpenAlex OpenCitations
-
(s. d.). 2023110212500658000_2023. 10. 27. 23297672v1. 21Type: Autre DOI: 10.1089/bio.2015.0032/format/epubCrossref
-
Bernard J. Crespi (2016). Autism As a Disorder of High Intelligence . Frontiers in Neuroscience, 10, 300. Frontiers Media SA.OpenAlex
-
Chayanika Goswami , Amrita Chattopadhyay , Eric Y. Chuang (2021). Rare variants: data types and analysis strategies . Annals of Translational Medicine, 9(12), 961-961. AME Publishing Company.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Kelley Harris , Rasmus Nielsen (2016). The Genetic Cost of Neanderthal Introgression . Genetics, 203(2), 881-891. Oxford University Press (OUP).Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Yan Wang , Cheng Zeng , Jinchen Li , Zikai Zhou , Xingda Ju , Shuting Xia et al. (2018). PAK2 Haploinsufficiency Results in Synaptic Cytoskeleton Impairment and Autism-Related Behavior . Cell Reports, 24(8), 2029-2041. Elsevier BV.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Jeannine A. Frei , Cheryl Brandenburg , Jonathan E. Nestor , Didier M. Hodzic , Celine Plachez , Helen McNeill et al. (2021). Postnatal expression profiles of atypical cadherin FAT1 suggest its role in autism . Biology Open, 10(6), bio056457. The Company of Biologists.Crossref OpenAlex OpenCitations
-
Ian F. King , Chandri N. Yandava , Angela M. Mabb , Jack S. Hsiao , Hsien-Sung Huang , Brandon L. Pearson et al. (2013). Topoisomerases facilitate transcription of long genes linked to autism . Nature, 501(7465), 58-62. Springer Science and Business Media LLC.Type: Article DOI: 10.1038/nature12504 10.17615/bzy1-a686OpenCitations
-
Philipp Gunz , Amanda K. Tilot , Katharina Wittfeld , Alexander Teumer , Chin Yang Shapland , Theo G.M. van Erp et al. (2019). Neandertal Introgression Sheds Light on Modern Human Endocranial Globularity . Current Biology, 29(1), 120-127.e5. Elsevier BV.OpenCitations
-
(2016). Autism as a disorder of high intelligence . Frontiers in neuroscience, 10, 300.Type: AutreCrossref